截至2020年12月1日,大亞灣區共有醫療機構178家,其中公立醫療單位7家,分別為按公立三級綜合醫院1所(中大惠亞醫院)、計劃生育服務中心1所、社區衛生服務中心5間(澳頭、西區、霞涌、西部產業園和石化工業區社區衛生服務中心);村衛生站57間,其中納入街道-村一體化管理的有32間;民營醫療機構114間,其中門診部30間,診所79間,醫務室5間。公共衛生專業機構1所(疾病預防控制中心)。
截至2020年11月底,全區共有編制床位854張,執業(助理)醫師632人,注冊護士數597人。大亞灣區已形成了設施和功能相對齊全的區-街道-村三級公共醫療衛生服務體系。