大亞灣區共有醫療衛生機構123家,其中公立醫療衛生單位8家,分別為按“三級甲等”標準建設的公立綜合醫院1所(中大惠亞醫院)、疾病預防控制中心1所、計劃生育服務中心1所、社區衛生服務中心5間(澳頭、西區、霞涌、西部產業園和石化工業區社區衛生服務中心);村衛生站57間,其中納入街道-村一體化管理的有32間;民營醫療機構55間,其中門診部13間,診所42間。
截至2018年12月中旬,全區共有編制床位834張,每千常住人口醫療機構床位數達到3.93張;執業(助理)醫師565人,每千常住人口執業(助理)醫師達到2.67人;注冊護士數441人,每千常住人口注冊護士數達到2.08人。大亞灣區已形成了設施和功能相對齊全的區-街道-村三級公共醫療衛生服務體系。